El Colegio Alexander Fleming fue fundado en el año 1987. Tras numerosas gestiones se obtuvo el reconocimiento oficial del Ministerio de Educación. Su sostenedor correspondía a la sociedad Alexander Fleming y Cía. Ltda.
Durante siete años el Colegio fue Particular pagado. El 30 de junio de 1995 se modifica la antigua resolución por la nueva que nos autoriza la Enseñanza Media y el financiamiento compartido.
En diciembre del año 2017 se procede hacer el cambio de sostenedor, por lo que a partir del primero de enero del 2018 el ente sostenedor es la Fundación Colegio Alexander Fleming, que tiene como característica principal la de ser una entidad sin fines de lucro.
El Colegio Alexander Fleming, tiene como sostenedor a la Fundación Colegio Alexander Fleming y su representante legal el señor Jorge Tapia Maldonado.
Su Director Carlos Soto Molina.